中医学院现建有3个中医类博士、硕士学位授予点，涵盖中医博士专业学位授予点、中医硕士专业学位授予点及中医学一级学科硕士学位授予点。

学院研究生教育始于学校组建单位重庆医科大学中医药学院。2010年，该院获批中医学一级学科硕士学位授予点；2015年，又相继获得中医博士专业学位和中医硕士专业学位授予点，构建起完整的中医类学科群。2023至2025年，学校与重庆医科大学联合招收研究生，积累了扎实的研究生培养经验。2025年，中医类学位点整体平移至重庆中医药学院，并于2026年起独立招收中医类博士和硕士研究生。

经过二十余年建设发展，学院已形成稳定的二级学科方向和雄厚的师资力量，研究生培养体系日趋成熟。2026年，中医学院计划招收博士研究生1名、硕士研究生16名，研究生教育事业自此开启全新篇章。