（一）医史文献教研室

医史文献教研室承担的课程具有多重性的特征：医古文兼具医学、语言学、哲学等特点，中国医学史兼具医与史的特点。基于课程的属性，教研室老师秉持“以人为本”的教学理念，以学生为中心，深化内容体系，注重教学改革与创新，积极探索课程思政的建设路径，为培养高素质中医人才奠定基础。主要承担《医古文》《中国医学史》等课程的教学。

（二）中医基础理论教研室

中医基础理论教研室自1951年西南军政委员会卫生部创办重庆中医进修学校开始就独立存在，后学校虽改名为重庆中医学校，及2002年并入重庆医科大学隶属中医药学院，到2023年7月重庆中医药学院中医学院成立，教研室始终如一的承担着全学院各专业、各层次研究生、本科生、成人教育学员的一线专业基础教学，承担《中医基础理论》《中医诊断学》《中医学基础》等课程的教学。

（三）中医经典教研室

重庆中医经典著作教育从1951年重庆中医进修学校开始一直是教学重点。2002年随着重庆中医学校并入重庆医科大学，中医经典教研室成立，承担中医四大经典课程的教学。2012年后随国家增设中医药文化学二级学科，开设了《中医药文化学》课程。《中医药文化学》为教育部“精品视频公开课”、重庆市线上一流课程、重庆市线上线下混合式一流课程、重庆市本科高校课程思政示范课程，承担着全院各专业、各层次研究生、本科生、留学生以及成人教育学员的《黄帝内经》《伤寒论选读》《金匮要略选读》《温病学》《中医药文化学》等课程的教学任务。

（四）中医临床教研室

中医临床教研室承担着中医学、针灸推拿学、中医骨伤学、中西医临床医学等专业的《中医内科学》《中医外科学》《中医妇科学》《中医儿科学》《中医急症学》《中医食疗学》《中医眼科学》《中医耳鼻咽喉科学》等临床课程教学。

（五）中医养生教研室

中医养生教研室汇聚中医精髓，致力于探索传统养生智慧与现代健康理念的融合。教研室深入研究中医理论，传承经典养生方法，如四时养生、情志养生、食疗调养、针灸推拿、气功导引等，旨在通过自然疗法促进人体阴阳平衡、增强体质、预防疾病。教研室不仅教书育人，还积极开展科研活动，推动中医养生知识与技能的普及与应用，为民众健康福祉贡献力量。

  （六）方剂教研室

方剂教研室主要承担方剂学教学、科研工作，着力打造重庆市精品课程及国家级精品课程。主要研究经典方剂组方原理、证治特点及作用机制。横向研究各临床学科代表方、常用方及经验方的理论依据、组方特点、临床疗效和新药开发。

  （七）中医儿科教研室

中医儿科教研室是由高学历、高素质、学术造诣深厚、教学及临床经验丰富的专业教师组成。教研室成员共5名，其中博士后合作导师2名，硕士生导师2名，博士4名，硕士1名，高级职称4名，中级职称1名。主持国家自然科学基金、重庆市自然科学基金、重庆市科技局等课题共7项，参与重庆市教育委员会教育教学改革项目共6项，以第一作者或通讯作者发表SC1、CSCD及北大核心期刊论文20余篇，参编儿科相关教材及著作3部。教研室以培养高水平的中医儿科专业人才为目标，致力于为重庆、西部地区以及全国输送服务于儿童健康和中医药事业发展的中医儿科医生。