一、学院负责人
刘华宝 中医学院院长
1.全面主持学院行政工作。
2.负责教学、科研、教务、人事人才及师资队伍建设等工作。
3.总管学院教学、科研、行政事务。
姚 玲 中医学院党总支副书记
1.主持学院党建工作。
2.负责师生党建、思政教育、新闻宣传、安全稳定、纪检、统战、资产管理、文化建设、工会、外事等工作。
3.分管党建工作、学生工作、科研工作。
李 艳 中医学院副院长
二、行政管理机构
（一）综合办公室
统筹承担学院的行政、人事、财务、信息、外事、宣传、安全稳定、档案等各项管理工作。协助院领导组织、协调、检查、督促各部门工作，对学院重要工作部署和领导重要指示进行查办落实。
（二）党建办公室
负责学院党总支党务管理工作、党建工作计划、工作总结及相关材料的起草工作；负责党总支会议、党员大会、教职工政治学习的会务工作；负责发展、接收党员。
（三）科教科
负责学院本科教学管理工作，负责学生实习、学生学籍、成绩、考试、教学计划安排、调停课等，组织学院教学改革、教师能力提升、教材建设等，开展学院教学监控与评价，教学质量保障。
负责学院学科建设管理，各级各类科研项目的日常管理，科研成果的申报与转化，科研学术研讨交流活动的筹备组织工作，学院科研平台的建设和管理工作。
（四）学生工作办公室
负责学生管理及服务工作，做好学生思想政治教育，学生党员发展、奖助学金、心理、就业等日常管理工作，提升学生综合素质。
三、教学机构
负责本教研室的教学运行与管理、师资队伍、制度建设、教材建设、教研室活动、学术交流。
（一）医史文献教研室
医史文献教研室承担的课程具有多重性的特征：医古文兼具医学、语言学、哲学等特点，中国医学史兼具医与史的特点。基于课程的属性，教研室老师秉持“以人为本”的教学理念，以学生为中心，深化内容体系，注重教学改革与创新，积极探索课程思政的建设路径，为培养高素质中医人才奠定基础。主要承担《医古文》《中国医学史》等课程的教学。
（二）中医基础综合教研室
中医基础综合教研室自1951年西南军政委员会卫生部创办重庆中医进修学校开始就独立存在，后学校虽改名为重庆中医学校，及2002年并入重庆医科大学隶属中医药学院，到2023年7月重庆中医药学院中医学院成立，教研室始终如一的承担着全学院各专业、各层次研究生、本科生、成人教育学员的一线专业基础教学，承担《中医基础理论》《中医诊断学》《中医学基础》等课程的教学。
（三）中医经典教研室
重庆中医经典著作教育从1951年重庆中医进修学校开始一直是教学重点。2002年随着重庆中医学校并入重庆医科大学，中医经典教研室成立，承担中医四大经典课程的教学。2012年后随国家增设中医药文化学二级学科，开设了《中医药文化学》课程。《中医药文化学》为教育部“精品视频公开课”、重庆市线上一流课程、重庆市线上线下混合式一流课程、重庆市本科高校课程思政示范课程，承担着全院各专业、各层次研究生、本科生、留学生以及成人教育学员的《黄帝内经》《伤寒论选读》《金匮要略选读》《温病学》《中医药文化学》等课程的教学任务。
（四）中医临床教研室
中医临床教研室承担着中医学、针灸推拿学、中医骨伤学、中西医临床医学等专业的《中医内科学》《中医外科学》《中医妇科学》《中医儿科学》《中医急症学》《中医食疗学》《中医眼科学》《中医耳鼻咽喉科学》等临床课程教学。
