重庆中医药学院针灸推拿学院下设教研室5个，承担全校针灸推拿相关课程，开设针灸学、推拿学、中医学术流派与特色疗法讲座等针灸推拿学必修、选修课18门；骨伤学院下设2个教研室，承担全校骨伤科学相关课程，开设中医骨伤科学、中西医结合骨伤科学、中医骨伤科学基础、中医正骨学、中医筋伤学、中医骨病学、骨伤科生物力学等中医骨伤科学课程必修、选修课15门，课程体系完备，结构合理。