重庆中医药学院针灸推拿学院、骨伤学院涵盖职能机构和教学机构。职能机构包括综合办公室、科教科（科研与教学管理科）、学生工作办公室、实验室管理办公室，负责学院行政、科教、学生及实验室工作等，保障学院日常运行。教学机构涵盖10个教研室，其中针灸推拿学院下设8个教研室，承担全校针灸推拿相关课程，开设针灸学、推拿学、中医学术流派与特色疗法讲座等针灸推拿学必修、选修课18门；骨伤学院下设2个教研室，承担全校骨伤科学相关课程，开设中医骨伤科学、中西医结合骨伤科学、中医骨伤科学基础、中医正骨学、中医筋伤学、中医骨病学、骨伤科生物力学等中医骨伤科学课程必修、选修课15门，课程体系完备，结构合理。