校企（地）合作处下设三个科级部门：综合管理科、项目管理科与产业发展科。

1.综合管理科

负责部门规章制度、年度工作计划及工作总结的草拟及文件报送、督促督办、考勤、档案收集与管理的工作；负责部门文化建设、对外宣传、信息报送、数据安全等工作；负责会议组织、来信来访等内部事务工作；负责本部门财务及国有资产管理事务工作。

2.项目管理科

负责项目来源、项目设计及合作单位等工作；负责经费预算、中期评估、成果转化等具体工作；负责项目的策划、设计和启动等具体工作；负责政策依据、知识产权、审评办法、资料整理等具体工作。

3.产业发展科

负责流派学术思想整理传承、合作专家团队联系与服务工作；负责“环重庆中医药学院创新生态圈”各相关项目的建设与实施；负责大健康产业的设计、发展规划工作；负责国内外中医药合作事宜的落实工作。